Mundhulen er et åbent mikrobiologisk økosystem, som kontinuerligt påvirkes af udefrakommende faktorer i form af fysiske, kemiske og termiske stimuli. Det samlede orale mikrobiom er særdeles komplekst og består primært af bakterier, mens andre mikroorganismer såsom virus, protozoer, svampe og arkebakterier kan udgøre mindre dele af det orale mikrobiom. Udvikling af molekylære metoder primært baseret på analyse af generne, der koder for det fylogenetisk velbevarede 16S ribosomale RNA (16S rRNA), har dokumenteret, at det orale mikrobiom udviser væsentlig større diversitet og kompleksitet, end det hidtil var antaget baseret på resultater fra mikroskopi og dyrkningsstudier. Det har således vist sig, at den orale mikroflora udgøres af mere end 700 forskellige dominante arter, hvoraf op imod 100-200 forskellige bakteriearter kan påvises fra en enkelt person. Omkring 35 % af den orale mikroflora kan ikke dyrkes med nuværende laboratorieteknikker. Den permanente orale mikroflora menes at have en beskyttende effekt mod udvikling af orale sygdomme, mens forskydninger i denne som følge af økologiske ændringer synes afgørende for udvikling af marginal parodontitis og caries. Formålet med denne oversigtsartikel er at præsentere mikrobiologiske metoder til analyse af orale bakterier, herunder resistensbestemmelse som et led i odontologisk diagnostik. Derudover diskuteres muligheder for fremtidig udvikling af molekylærbiologiske metoder, der kan benyttes rutinemæssigt til identifikation af risikopatienter på tandlægeklinikken.